Le port tel que l'on connaît aujourd'hui n'a que 250 ans d'existence. Avant les pêcheurs et leurs pointus se contentaient des Ponchettes (habitude que gardèrent les pêcheurs du Vieux-Nice bien après la création du port), les autres navires mouillant à Villefranche sur Mer (ville voisine de Nice).

Dans l'Antiquité, le Paillon coulait dans la plaine de Riquier et débouchait dans l’anse de Lympia, puis il suivit le cours actuel de l'autre côté du Château. De ce fait, l'endroit délaissé par le Paillon ne fut longtemps qu'un marécage parcouru de ruisseaux, dont le Lympia qui donna son nom à l'endroit.

Pour doter Nice d'un vrai port, on pensa principalement à deux sites : les Ponchettes et Lympia. Après d’âpres discussions, le second fut choisi. Le port Lympia fut creusé en 1749, sur ordre de Charles-Emmanuel III.

Jusqu'au deuxième rattachement du Comté de Nice à la France en 1860, le port Lympia reste un très modeste port de pêche. Depuis 1860, le port ne cesse de s'agrandir : le bassin Lympia est agrandi et on l'approfondit, jusqu'à sa taille actuelle.